مدرسه فوتبال باشگاه شاهین مهر از سال 1376 با نام «مهر شمال شرق» به اشکال مختلف از جمله آموزش نوباوگان، تشکیل تیم های فوتبال، برگزاری مسابقات و غیره در خدمت فرزندان تهرانی بوده است و در حال حاضر این مدرسه فوتبال از معدود مدارس فوتبال تهران می باشد که مجوز رسمی فعالیت خود را در سال 1390 از هیئت محترم فوتبال استان تهران دریافت نموده است که با مراجعه به سایت اینترنتی ” آکادمی ملی فوتبال ایران می توانید بیشتر با این مدرسه آشنا شوید. در این مدرسه، فوتبال آموزان بین سنین 5 تا 14 سال به 4 تا 5 رده سنی تقسیم و در مدرسه فوتبال به وسیله مربیان مجرب و دوره دیده کنفدراسیون فوتبال آسیا به صورت عملی و شفاهی آموزش می بینند. بازیکنان این مدرسه فوتبال، وارد تیم نونهالان و نوجوانان باشگاه می شوند.